Riksdag och regering har beslutat att Transportstyrelsens tillsynsverksamhet ska finansieras med avgifter och att det är den som använder sig av transportsystemet på något sätt som också är med och betalar. Avgifterna som Transportstyrelsen tar ut ska på så sätt täcka alla kostnader för att kunna upprätthålla ett säkert, tillgängligt och miljövänligt transportsystem.

Förutom periodisk tillsyn av fartyg som är certifikatspliktiga utövar Transportstyrelsen i huvudsak tillsyn över fartygsägarnas system för egenkontroll. Tillsynen är främst riskbaserad, vilket innebär att större delen av resurserna läggs på verksamheter där de största riskerna finns.