- BALTIC PRESS, HIX - tagit in vatten sedan akterrampen öppnats 1999-01-13
- Rorofartyget BRITTA ODEN, SHBT - kollision med torrlastfartyget HOO SWIFT, MKAZA7 1999-01-22
- Roropassagerarfartyget MALMÖ LINK, SICE - kollision med fyr 1999-02-04
- Isbrytaren NJORD, SBPO - grundstötning 1999-03-16
- Fiskefartyget VG 108 STENSÖ, SGEL - personskada 1999-04-22
- Kemikalietankfartyget UNITED TRANSPORTER, SBAZ - brand i maskinrum 1999-05-07
- Passagerarfartyget ST IBB, SFUI - grundstötning 1999-05-29
- Skolfartyget INGO, SIXW - personskada 1999-07-02
- Bogser- och bärgningsfartyget DYNAN, SIFO - personskada vid bogsering 1999-08-31
- Torrlastfartyget MARINA, SFAW - personskada 1999-09-09
- Passagerarfartyget GÖTALAND, SEAU - personskada vid livbåtsövning 1999-09-25
- Tankfartyget SIRIUS, SEUG - grundstötning 1999-11-29
