Ja, följande länder är undantagna från systemet: de allra fattigaste länderna, små önationer stadda i utveckling, länder utan havskust, samt länder med mycket låg andel internationell flygtrafik. De undantagna länderna måste dock ändå övervaka och rapportera sina utsläpp inom systemet.

För att inte systemet ska bli alltför administrativt betungande för de allra minsta operatörerna, så undantas även flygningar med flygplan mindre än 5,7 ton, flygoperatörer som släpper ut mindre än 10 000 ton CO2 från internationella flygningar per år samt medicinska, humanitära och brandbekämpande flygningar. Likaså undantas nya operatörer på marknaden från deltagande i systemet i tre år.