År 2011 ändrades de finansiella villkoren för Transportstyrelsen.
För sjöfartsverksamheten innebar ändringen att regelgivning och hamnstatskontroller som tidigare finansierades med hjälp av den så kallade farledsavgiften i stället finansieras via ett skatteanslag. Tillståndsprövning, tillsyn och registerverksamhet ska nu fullt ut finansieras av egna direkta avgifter. De direkta avgifter som togs ut tidigare täckte ungefär 40 procent av kostnaderna. Övergången till full finansiering via direkta avgifter har fått till följd att vi har behövt höja avgifterna för att hamna i balans – trots att vi sänkte kostnaderna för den avgiftsfinansierade delen av verksamheten från cirka 97 miljoner kronor år 2010 till cirka 60 miljoner kronor år 2015.