Hur eller var ett fartyg används påverkar inte skyldigheten att betala registerhållningsavgiften. Den som står som ägare till ett fartyg, ett skepp eller en båt, i fartygsregistret den 1 januari är den som faktureras för registerhållningsavgiften för det avgiftsåret, enligt avgiftsföreskrifterna. Avgiften ska bland annat täcka kostnader för it-systemet fartygsregistret och för att lämna ut vissa uppgifter ur systemet och upprätthålla rätt information om adresser.