Vårt arbete ska alltså vara avgifts- eller skattefinansierat beroende på uppgifternas karaktär. Avgifternas storlek bestäms enligt självkostnadsprincipen och med krav på full kostnadstäckning. Avgifterna bör därför varken generera underskott eller överskott över tiden, utan bidra till ett nollresultat – men enskilda år och över kortare perioder kan och får avvikelser förekomma.
Eftersom avgifterna bygger på budgeterade värden (intäkter och kostnader) och budgeterade volymer (till exempel uppskattat antal tillståndshavare), är det i princip omöjligt att varje enskilt år bestämma storleken på en avgift på förhand som i efterhand visar sig ha gett just de intäkter som krävs för att motsvara de kostnader som lagts ned på att generera en viss tjänst. Om vissa avgifter visar sig generera kontinuerliga över- eller underskott, måste vi hantera det genom att avgifterna sänks eller höjs. Vi har som ambition att nå sådan balans över en 3–5-årscykel.
Vi disponerar inte själva de avgifter som tas in, utan inbetalda avgifter överför vi till statskassan. Avgifterna bestäms utifrån de kostnader vi beräknas ha för de avgiftsbelagda verksamheterna. Kostnaderna utgör den kostnadsram som vi sedan har att hålla oss inom för den avgiftsbelagda verksamheten. Vi får ersättning genom att staten ger ett så kallat avgiftsanslag på motsvarande summa. Om mer avgifter skulle ha flutit in till staten, kommer de inte Transportstyrelsen till del, utan medlen hamnar i statskassan. Vi följer dock balansen och korrigerar avgifterna. Om för mycket avgifter har tagits ut av ett visst avgiftskollektiv, sänker vi avgifterna för att nå balans.