Avgifterna ska inte bara täcka kostnaderna för det direkta arbetet och de resurser som krävs specifikt för att utföra en viss uppgift (arbetskraftskostnader, resor med mera). De ska också täcka för de indirekta kostnader (till exempel kostnader för lokaler, kontorsarbetsplatser, administrationskostnader avseende ekonomi-, personal- och dokumenthantering samt ledningskostnader), som uppkommer för att vi ska kunna utföra våra uppgifter. De indirekta kostnaderna kallas också overheadkostnader, och de ingår i de kalkyler som tas fram för respektive avgift. Utgångspunkten är att kostnaderna ska fördelas på ett så rättvisande sätt som möjligt, och att fördelningen ska spegla respektive verksamhets del av förbrukningen av gemensamma resurser.
I årsavgifterna inkluderas kostnaderna för de tillsynsinsatser som vi gör, liksom för det för- och efterarbete som är förknippat med tillsynerna.