Systemet utgår ifrån grundprincipen att alla som flyger på samma flyglinjer ska ha samma förutsättningar och följa samma regler, för att minska risken för snedvriden konkurrens mellan flygbolagen. Det innebär att det i praktiken är flygrutterna mellan länderna som ingår i systemet, såvida de inte är uttryckligen undantagna. Undantagen gäller därmed själva flygrutterna till, från och mellan undantagna länder. Om ett flygbolag från ett land som undantagits från deltagande i systemet flyger på en linje mellan två länder som ingår i systemet, så måste även flygbolaget från det undantagna landet kompensera för utsläppen på flygrutten som ingår i systemet.