Avgifterna bestäms utifrån de kostnader vi beräknas ha för de avgiftsbelagda verksamheterna.
Dessa kostnader utgör den kostnadsram som vi sedan har att hålla oss inom för den avgiftsbelagda verksamheten. Vi disponerar dock inte själva de avgifter som tas in, utan avgifterna går direkt till statskassan. Vi får i stället ersättning för våra kostnader från staten genom att staten ger ett avgiftsanslag som motsvarar den summa som de beräknade kostnaderna uppgår till.
Om mer avgifter skulle ha flutit in till staten än vad vi har utrymme att disponera, får vi inte del av överskottet, utan medlen hamnar i statskassan. Vi följer dock balansen inom respektive avgiftsområde och korrigerar avgifterna så att om vi har tagit ut för mycket av ett visst avgiftskollektiv, sänker vi avgifterna för att nå balans. Vi strävar att hålla balans över en 3–5-årscykel.
Dessutom bevakar Riksrevisionen respektive Ekonomistyrningsverket vår avgiftssättning. Riksrevisionen är ett oberoende organ som för medborgarnas räkning följer upp verksamheten inom staten. Så här beskriver de sin roll:
"Riksrevisionens uppdrag är att granska vad statens pengar går till och hur effektivt de används. Genom att utföra oberoende revision bidrar vi till att stärka den demokratiska insynen, en god resursanvändning och en effektiv förvaltning i staten.
Genom ett grundlagsskyddat oberoende har Riksrevisionen ett starkt mandat att granska statliga myndigheter och verksamheter. Vi kontrollerar om de följer direktiv, regler och föreskrifter och om de når sina mål, det vill säga att regeringen och myndigheterna sköter sitt arbete. Om vi finner brister rapporterar vi om dem och ger rekommendationer för att förbättra effektiviteten. Riksrevisionen är därför en viktig del av riksdagens kontrollmakt."
Transportstyrelsen har också skyldighet att samråda med Ekonomistyrningsverket vad gäller de avgifter som vi tar ut eller avser att ta ut. (Se 7 § avgiftsförordningen.)